เกิดการระเบิดขึ้นในสถานที่จัดงานประชุมสำคัญระดับชาติขึ้น และผู้ต้องสงสัยกลับเป็น "โมริ โคโกโร่" นักสืบเอกชนที่โคนันอาศัยอยู่ด้วย นักสืบจิ๋วโคนันจึงต้องออกสืบคดี พร้อมกับคอยจับตาผู้ต้องสงสัยอย่าง "โทรุ อามุโร่" เจ้าหน้าที่จากสันนิบาตตำรวจแห่งชาติ ยิ่งไปกว่านั้นระหว่างที่พยายามหาข้อแก้ตัวให้กับโคโกโร่นั้น ก็ได้เกิดเหตุระเบิดก่อการร้ายพร้อมกันหลายๆ จุดในโตเกียวจนทำให้ไฟดับทั้งเมือง โคนันต้องเผชิญหน้ากับแผนมรณะที่ซ่อนอยู่ในคดีดังกล่าว ซึ่งเชื่อมโยงกับการที่ยานอวกาศไร้คนขับ “ฮาคุโช” ที่กำลังจะกลับจากดาวอังคารมุ่งสู่โลก