"โคนัน" และเพื่อนๆ ได้มีโอกาสไปที่ตึกทวินทาวเวอร์ ตึกแฝดที่สูงที่สุดในเมืองนิชิตะมาจิ ที่นั่นพวกเขาได้พบกับ "โคโกโร่" และ "รัน" ที่ได้รับเชิญมาในการเปิดตัวตึกแห่งนี้ด้วยเช่นกัน ภายในงานที่ควรรื่นเริงกลับมีเค้าลางแห่งความตาย เมื่อผู้เกี่ยวข้องในการสร้างตึกเริ่มถูกฆาตกรรมไปทีละคน นอกจากนี้โคนันยังรู้สึกถึงการเคลื่อนไหวขององค์กรชุดดำที่เคยพยายามฆ่าเขาด้วยยาพิษจนเขากลายร่างเป็นเด็ก และพวกมันกำลังจะเนรมิตให้ตึกยิ่งใหญ่แห่งนี้เป็นนรกลอยฟ้าที่ทำให้โคนันและเพื่อนๆ แทบเอาชีวิตไม่รอด