"ฮิโรกิ ซาวาดะ" เด็กชายอัจฉริยะด้านคอมพิวเตอร์ เขาสร้างสมองกลชื่อ "เรือโนอาห์" ขึ้นเป็นผลสำเร็จ แล้วส่งสมองกลนั้นเข้าไปสู่ระบบอินเตอร์เน็ต ก่อนจะปลิดชีวิตตนเองโดยกระโดดจากหน้าต่างอาคารที่คุมขังเข้าไว้ลงสู่ท้องน้ำเบื้องล่างถึงแก่ความตาย สองปีให้หลัง บริษัทชินด์เลอร์จัดนิทรรศการเกมเสมือนจริงชื่อ "โคคูน" โดยเชิญเด็กๆในแวดวงชั้นสูงมาร่วมเล่นเกมเสมือนจริงนี้ แต่ทั้งหมดกลับกลายเป็นฝันร้ายเมื่อสมองกลเรือโนอาห์ได้เข้าควบคุมคอมพิวเตอร์ และบังคับให้เด็กทั้ง 50 คนเล่นเกมเสมือนจริงให้ผ่านจึงจะรอดพ้นจากความตาย โคนันและเพื่อนๆ ต้องร่วมมือกันไขปริศนาภายในเกมโดยมีชีวิตเด็กทั้ง 50 คนเป็นเดิมพัน