ขณะที่พวกโคนันกำลังชมวิวบนตึกเบลทรีทาวเวอร์ ก็ได้มีกระสุนปริศนาพุ่งเข้าใส่ร่างชายคนหนึ่ง และจุดที่คนร้ายยิงในทุกคดี ก็มีลูกเต๋าปริศนาพร้อมปลอกกระสุนที่คนร้ายทิ้งปริศนาเอาไว้ ซึ่งผู้ต้องสงสัยอันดับหนึ่งคือ อดีตพลซุ่มยิงของหน่วยซีล แต่ทว่าคดีนี้ไม่ได้ง่ายอย่างที่คิดอีกต่อไป เมื่อผู้ต้องสงสัยถูกสไนเปอร์อีกคนยิงตาย ประชาชนทั่วญี่ปุ่นกลัวว่าจะเป็นการยิงไม่เลือกหน้า จึงปั่นป่วนไปกันทั่วญี่ปุ่น ดังนั้นกรมตำรวจทั่วญี่ปุ่นและเอฟบีไอ จึงได้ร่วมมือกันสอบสวนคดีฆาตกรรมต่อเนื่องในครั้งนี้ ระหว่างที่โคนันสืบสวนก็ไปสะดุดตาคนร้ายเข้าและถูกหมายหัวจากคนร้ายไปด้วย