"กำปั้นสีน้ำเงิน" บลูแซฟไฟร์ขนาดใหญ่ที่สุดในโลกซึ่งจมอยู่ในทะเลแถบสิงคโปร์พร้อมกับเรือโจรสลัดในช่วงปลายศตวรรษที่ 19 ได้ถูกมหาเศรษฐีท้องถิ่นเก็บกู้ขึ้นมา และนำมาอวดโฉมต่อหน้าสาธารณชน แต่กลับเกิดคดีฆาตกรรมขึ้นที่มารีน่าเบย์แซนด์ส โดยในที่เกิดเหตุนั้นมีสาส์นเตือนของจอมโจรคิดที่เปื้อนเลือดตกอยู่... ขณะเดียวกัน รันกับโซโนโกะก็เดินทางมาชมการแข่งขันคาราเต้ที่จัดขึ้นที่สิงคโปร์พอดี ส่วนโคนันเดินทางออกนอกประเทศไม่ได้เนื่องจากไม่มีพาสปอร์ต จึงต้องอยู่เฝ้าบ้าน แต่จอมโจรคิดต้องการใช้ประโยชน์จากโคนัน จึงใช้มายากลหลอกล่อพาตัวโคนันมายังสิงคโปร์ แถมยังจับเขาแปลงโฉมใหม่พร้อมกับยึดแว่นตา นาฬิกาข้อมือ และเสื้อผ้าไปหมดอีกด้วย หากไม่ยอมทำตามที่คิดบอก โคนันก็จะไม่สามารถกลับญี่ปุ่นได้

ต่อมาคิดก็ได้รับข้อมูลว่าบลูแซฟไฟร์หลับใหลอยู่ในตู้เซฟใต้ดินของคฤหาสน์แห่งหนึ่ง ทีแรกนึกว่าลักลอบเข้ามาได้ง่ายๆ แต่แท้จริงแล้วที่นั่นมีกับดักสุดแสนอันตรายรอคิดอยู่ นั่นคือการเผชิญหน้ากับเคียวโกขุ มาโคโตะ นักคาราเต้สุดแกร่งผู้ไร้พ่าย 400 นัด ชะตากรรมของคิดจะเป็นเช่นไร...!? และน้ำสีแดงฉานที่ถูกปล่อยออกมาจากปากเมอร์ไลอ้อน สัญลักษณ์ของสิงคโปร์ ก็ราวกับเป็นลางบอกเหตุร้ายบางอย่าง!