ด้วยเหตุการณ์โยงใยที่เริ่มต้นจากรถไฟใต้ดินสายหนึ่งเกิดระเบิดกะทันหัน ซึ่งในนั้นมีผู้ว่าฯโตเกียวโดยสารอยู่ แรงระเบิดสร้างความเสียหายครั้งใหญ่แต่กลับนำไปสู่อีกคดีที่เกิดขึ้นเมื่อแปดปีก่อน เมื่อเด็กชายที่ชื่อ "ทาจิฮาระ โทมะ" พลัดตกเหวและหมดสติไป หลังจากที่เขาฟื้นขึ้นมา เขาก็จำอะไรในอดีตไม่ได้เลย โคนันรู้ได้ในทันทีว่ากุญแจที่จะไขปริศนาอยู่ในความทรงจำที่หายไปนั่นเอง เขาจึงพยายามที่จะฟื้นความทรงจำของโทมะ ทว่ามหันตภัยแห่งวิกฤติมรณะกำลังคืบคลาน เมื่อเขื่อนขนาดยักษ์ถูกติดตั้งระเบิดเวลา และมีเวลาเพียง 15 นาทีเท่านั้นก่อนที่ระเบิดจะทำงาน ถ้าเขื่อนพังล่ะก็ น้ำจากเขื่อนก็จะไหลถล่มใส่เมืองราวกับมัจจุราชแห่งความเย็นยะเยือกเข้ากลืนกิน!