"ชินอิจิ" นักสืบหนุ่มมัธยมปลายที่ถูกให้กินยาประหลาดจากองค์กรชุดดำที่ชั่วร้าย แม้จะรอดชีวิตมาได้แต่ตัวเขากลับหดเล็กลงจนเหมือนเด็กประถม เขาได้เริ่มชีวิตใหม่ในชื่อ "โคนัน" และอาศัยอยู่กับ "โมริ โคโกโร่" นักสืบเอกชน และ "รัน" เพื่อนสมัยเด็กของชินอิจิ วันหนึ่งชินอิจิได้รับบัตรเชิญไปร่วมงานปาร์ตี้ของนักสถาปนิกชื่อดัง "โมริยะ เทจิ" เขาจึงขอให้โมริและรันช่วยไปแทน แต่นั่นคือจุดเริ่มต้นของแผนการชั่วร้ายของใครบางคน เมื่อเกิดเหตุวางระเบิดไปทั่วกรุงโตเกียว โคนันต้องพยายามค้นหาระเบิดตามเบาะแสที่คนร้ายทิ้งไว้ให้ ก่อนที่เขาจะพบความจริงที่น่ากลัวเมื่อระเบิดลูกสุดท้ายกำลังจะระเบิดในตึกที่รันกำลังอยู่ข้างในนั้น