เมื่อทั่วโลกเกิดเหตุการณ์ลอบสังหารอย่างต่อเนื่อง ขณะเดียวกันหน่วยสืบราชการลับทั่วโลก ทั้ง MI6 (อังกฤษ) BDN (เยอรมนี) CIA และ FBI (อเมริกา) ก็ต่างถูกขโมยข้อมูลซึ่งๆ หน้า แต่ขณะที่เจ้าหน้าที่กำลังจะจับกุมตัวคนร้าย ซึ่งเชื่อว่าเป็นสายลับมือดีในระหว่างหลบหนีนั้นเอง อุบัติเหตุจากการชักใยเบื้องหลังขององค์กรปริศนาก็เกิดขึ้น จนทำให้ อากาอิ ชูอิจิ นายตำรวจหนุ่ม FBI ถึงคราวต้องตกอยู่ในอันตรายถึงชีวิตอีกครั้ง การไขคดีสุดอันตรายของโคนันได้เริ่มต้นอีกครั้ง แต่ครั้งนี้จะเป็นโอกาสให้เขาเข้าใกล้ “องค์กรชุดดำ” ตัวการสำคัญที่เปลี่ยนให้ชินอิจิกลายเป็นเด็กในร่างโคนันมากกว่าครั้งไหนๆ