แก๊งนักสืบเยาวชนได้รับคำเชิญจาก "โซโนโกะ" ให้มาดูปลาวาฬที่เกาะฮะจิโจ "โคนัน" ได้รับโทรศัพท์จาก "โอกิยะ ซุบารุ" (อากาอิ ชูอิจิ) ว่ามีเจ้าหน้าที่ยูโรโพลถูก "จิน" คนขององค์กรชุดดำฆ่าตายที่เยอรมนี โคนันรู้สึกสังหรณ์ใจไม่ดีจึงลอบขึ้นเรือลาดตระเวนที่ "คุโรดะ เฮียวเอย์" และผู้เกี่ยวข้องกับกรมตำรวจโดยสารอยู่มุ่งหน้าไปยังหน่วยรักษาความปลอดภัย 'ทุ่นแปซิฟิก' อาคารใต้ทะเลที่สร้างขึ้นในอ่าวของเกาะฮะจิโจของโตเกียวเพื่อเชื่อมต่อกล้องวงจรปิดของตำรวจทั่วโลก วิศวกรจากประเทศต่างๆ มารวมตัวกันที่นั่นด้วยจุดประสงค์ในการเชื่อมต่อเน็ตเวิร์กในความควบคุมของยูโรโพล(องค์กรตำรวจของยุโรป)เพื่อใช้งานจริง และที่นั่นยังดำเนินการทดสอบ 'เทคโนโลยีใหม่' ซึ่งจะนำไปประยุกต์ใช้ในระบบยืนยันใบหน้าอีกด้วย และแล้วก็เกิดคดีวิศวกรสาวคนหนึ่งถูกองค์กรชายชุดดำลักพาตัวในอาคารที่กำลังเตรียมการใช้งานระบบจริง! ยิ่งไปกว่านั้น USB ของเธอซึ่งบันทึกข้อมูลบางอย่างยังตกอยู่ในเงื้อมมือขององค์กร... เสียงใบพัดเรือที่ดังชวนขนลุกในท้องทะเล และแล้วเงามืดก็แอบเข้ามาหาไฮบาระที่พักแรมอยู่ที่เกาะฮะจิโจ…