สิบปีให้หลังจากการที่เกิดเหตุการณ์ 'หลอมรวมครั้งใหญ่' ประชากรของโลกได้แบ่งออกเป็นสองฝั่งนั่นคือ "กรีนเอิร์ธ" (Green Earth) หรือ กลุ่มประชากรที่ถูกดึงมาจากโลกสคับโครัล กับ "บลูเอิร์ธ" (Blue Earth) ประชากรที่อยู่บนโลกดั้งเดิม แต่การมาอยู่ร่วมกับบนโลกของสองกลุ่มชีวิตที่แตกต่างกัน ทำให้เกิดความขัดแย้งต่างๆ มากมาย อาจจะเพราะภัยที่เกิดขึ้นไปก่อนหน้านั้น หรืออาจจะเพราะความกลัวต่ออนาคตที่่ยังมาไม่ถึง และในช่วงเวลานี้ "ยูเรก้า" หญิงสาวที่ถูกเกลียดชังจากทั้งโลกในฐานะสัญลักษณ์และเป็นต้นเหตุของการแบ่งแยกโลกเป็นสองฝ่าย ได้ทำงานในฐานะเจ้าหน้าที่ชั้นแนวหน้าของ A.C.I.D. หน่วยงานลับ ในสังกัดของทาง U.N. ภารกิจพิเศษใหม่ของยูเรก้าในครั้งนี้คือการปกป้อง "ไอริส" หรือ 'ยูเรก้าคนใหม่' เด็กสาวที่เกิดขึ้นมาจากสคับโครัล และมีพลังในการควบคุมโลกสคับโครัล แบบที่ยูเรก้าเคยมีในอดีต และไอริสก็คือกุญแจสำคัญที่อาจจะทำให้โลกต้องลุกเป็นไฟอีกครั้ง ขณะที่พบหน้ากันเป็นครั้งแรก ผู้หญิงทั้งสองคนก็ต่างเข้าใจในความเปล่าเปลี่ยวของกันและกัน ยูเรก้าจึงทุ่มทุกอย่างเต็มกำลังเพื่อปกป้องไอริสและโลกให้ปลอดภัย