เรื่องราวของ "อาเนโมเน่" เด็กหญิงที่สูญเสียพ่อไปในการต่อสู้ ณ กรุงโตเกียวเมื่อเจ็ดปีก่อน ทำให้เธอต้องอยู่ตัวคนเดียวกับ "กัลลิเวอร์" ตุ๊กตาของเธอ และมี AI "โดมินิคิดส์" เป็นที่พึ่งทางใจของเธอ อาเนโมเน่กลายเป็นปัจจัยหลักของหน่วยทดลองที่ใช้ชื่อว่า ‘แอซิด’ เพื่อทำการต่อสู้กับยูเรก้าตัวที่เจ็ด ‘ยูเรก้าเซเว่น’ ศัตรูที่กวาดล้างมนุษยชาติไปแล้วกว่า 2,600 ล้านคน ในภาวะใกล้สูญสิ้นมนุษย์ที่เหลือฝากความหวังไว้กับอาเนโมเน่