หลังโลกปลอดภัยจากการรุกรานของสัตว์ประหลาด "ไคจู" โดยเหล่าวีรบุรุษที่เสียสละชีวิตตนเองในการบังคับหุ่นเยเกอร์เพื่อสู้รบกับเหล่าไคจู ทว่ามีภัยคุกคามที่ร้ายแรงยิ่งกว่าถูกปลดปล่อยออกมาเพื่อทำลายเมืองและสร้างความสิ้นหวังให้กับโลกใบนี้ "จอห์น โบเยกา" หนุ่มหัวรั้นทายาทของวีรบุรุษผู้สิ้นชีพต้องร่วมมือกับเหล่าคนผู้มีความสามารถรุ่นใหม่ เพื่อต่อต้านกองกำลังที่หมายจะกำจัดพวกเขาให้สูญสิ้นเผ่าพันธุ์