เหตุการณ์ก่อนการเดินทางสำรวจข้ามห้วงอวกาศเป็นเวลานานถึง 5 ปีของยานเอ็นเตอร์ไพรซ์ เมื่อยานเอ็นเตอร์ไพรซ์กลับสู่ดาวโลกอีกครั้ง และแม้กัปตันเคิร์กจะโหยหาการทะยานกลับสู่ภารกิจสำรวจห้วงอวกาศอย่างไร สิ่งที่เขาค้นพบก็คือ สถานการณ์ของโลกที่กำลังย่ำแย่และรอให้เขารวมถึงลูกเรือช่วยเหลือ เมื่อโลกถูกรุกรานโดยกลุ่มเอเลี่ยนนิรนาม การโจมตีเริ่มต้นขึ้น ฝูงบินสตาร์ฟลีทถูกโจมตีจากภายใน จนก่อเกิดเป็นความเสียหายที่ทำให้โลกถึงคราววิกฤต การเบนเข็มภารกิจจึงเกิดขึ้นอีกครั้ง และนำมาสู่มิตรภาพครั้งใหม่ที่ทำให้กัปตันต้องชั่งใจ เมื่อมันอยู่บนความก้ำกึ่งระหว่างมิตรและศัตรู แต่นั่นก็จะเป็นบทพิสูจน์ครั้งสำคัญที่จะให้กัปตันเรียนรู้ถึงคำว่า “ความเชื่อใจ”