มหานครนิวยอร์กได้ตกอยู่ในการครอบงำจากอำนาจมืดของ "เชร็ดเดอร์" อีกครั้ง ซึ่งเกี่ยวพันกับความปลอดภัยในความเป็น “มนุษย์” ของผู้คน เมื่อสารเคมีสีม่วงลึกลับ ที่สามารถเปลี่ยนมนุษย์กลายเป็นสัตว์ประหลาด ได้ถูกใช้สร้างกองทัพเพื่อยึดครองโลก นำทีมโดย 2 วายร้ายตัวใหม่ที่พึ่งถือกำเนิดขึ้นอย่าง "พี่แรด" และ "เจ้าหมูป่า" ขนาดบิ๊กบึ้ม!

ภารกิจเก็บกวาดจึงตกเป็นหน้าที่ของเหล่า 4 เต่ามุดท่ออีกครั้ง ร่วมด้วยเพื่อนเก่า สาวนักข่าว "เอพริล" และพ่อหนุ่มหน้ากากขาว "เคซี่" เพื่อรวมกันกอบกู้เมืองให้พ้นจากอันตรายครั้งใหม่ที่กำลังเผชิญจากแผนการชั่วร้ายของเชรดเดอร์…

แต่ถึงอย่างนั้นคุณสมบัติที่น่าหลงไหลของสารเคมีสีม่วง ก็เย้ายวนใจชวนให้เหล่าสมาชิกเต่านินจา อยากใช้เปลี่ยนร่างตัวเองให้กลายเป็นมนุษย์ธรรมดาเช่นกัน เพื่อให้ไม่ต้องใช้ชีวิตหลบๆ ซ่อนๆ อยู่แต่ภายในท่อมืดๆ อีกต่อไป งานนี้ฝีมืออย่างเดียวคงไม่พอ การตัดสินใจ และความสามัคคีของเหล่าเต่านินจาก็สำคัญไม่ยิ่งหย่อนไปกว่ากัน