ความมืดมิดเข้าปกคลุมเมืองนิวยอร์กซิตี้ เมื่อ เชร็ดเดอร์ และฟุตแคลนที่ชั่วช้า สามารถครองอำนาจได้ทุกอย่างตั้งแต่ตำรวจยันนักการเมือง ทำให้อนาคตช่างน่าหวั่นเกรง จนกระทั่งกลุ่มพี่น้องทั้งสี่ที่สังคมไม่ยอมรับ ผุดขึ้นมาจากท่อระบายน้ำ และได้พบกับโชคชะตาของพวกเขาในฐานะแก๊งเต่านินจา เหล่าเต่านินจาต้องทำงานร่วมกับผู้สื่อข่าวสาวที่ไม่กลัวตายอย่าง เอพริล โอนีล และตากล้องคู่ใจของเธอ เวิร์น เฟนวิค เพื่อช่วยเมืองนี้และทลายแผนการอันชั่วร้ายของเชร็ดเดอร์