ย้อนกลับสู่ต้นกำเนิด

"แอนเดอร์สัน" (คีอานู รีฟส์) นักออกแบบเกมส์ที่กำลังเริ่มโปรเจกต์ใหม่ เขามักมีภาพความทรงจำแปลกๆเกิดขึ้นในหัวของเขาเรื่อยมา ก่อนที่เขาจะได้พบกับ "มอร์เฟียส" (ยายาห์ อับดุล-มาทีนที่ 2) และ "บั๊กส์" (เจสสิก้า เฮนวิค) และเปิดเผยความจริงถึงชีวิตในปัจจุบันของเขาว่าเป็นเพียงโลกเสมือนที่เรียกว่า "เดอะแมทริกซ์" ในขณะที่ตัวตนจริงๆ ของเขาอยู่ในอีกโลกหนึ่ง และเขาเคยออกจากโลกแมทริกซ์มาแล้วในอดีตเพื่อความพยายามปลดปล่อยมนุษย์จากโลกเสมือนที่ถูกสร้างโดยเหล่าจักรกลที่ควบคุมเดอะแมทริกซ์ นอกจากนี้เขายังได้ความทรงจำถึงคนรักของเขา "ทรีนิตี" (แครี-แอนน์ มอสส์) ที่ปัจจุบันยังติดอยู่ในโลกแมทริกซ์ แอนเดอร์สันและพรรคพวกจึงร่วมมือกันเพื่อปลดปล่อยทรีนิตี ท่ามกลางการขัดขวางของระบบป้องกันในโลกแมทริกซ์แบบใหม่ที่แข็งแกร่ง ปลอดภัย และอันตรายมากกว่าเดิม