หลังจากที่หน่วยสำรวจของมนุษย์ที่มาทวงคืนผืนโลกจากอสูรกาย "Godzilla" ได้สำเร็จ แต่ว่าพวกเขากลับฉลองความยินดีได้ไม่นานก็พบว่า มี Godzilla ตัวที่ใหญ่กว่าซึ่งใช้เวลาพัฒนาร่างกว่า 20,000 ปี มีความสูง 300 เมตรและหนักกว่า 100,000 ตัน และเป็นเหตุทำให้ "Haruo" ผู้นำทีมต้องโดนลูกหลงจากการโจมตีจนหายสาปสูญไป แต่ว่า Haruo ได้รับการช่วยเหลือจาก Miana ชนเผ่าพื้นเมืองเก่าแก่นามว่า Houtu และบรรพบุรุษของพวกเขาเคยถูกทำลายด้วยอสูรกายตัวนี้ ในขณะเดียวกันผู้บัญชาการ "Bilusaludo" และ "Galu-Gi" ได้ค้นพบหัวธนูของชนเผ่า Houtu ที่ทำด้วยโลหะนาโน ซึ่งมันเป็นเหล็กที่ใช้พัฒนา “นักรบผู้ต่อต้าน Godzilla” เมื่อศตวรรษที่ 21 ที่เตรียมนำไปต่อสู้ที่ปลายหุบเขาฟูจิ และเตรียมถูกนำมาใช้ในชื่อ "Mechagodzilla" แต่ว่าถูกทำลายไปก่อน การมีอยู่ของลูกธนูทำให้มีความหวังว่าโรงงานแห่งนั้นยังมีประสิทธิภาพในการกู้ Mechagodzilla ก็เป็นได้