ในอนาคตอันไกลโพ้นซึ่งไซบอร์คและหุ่นยนตร์กลายเป็นเรื่องปกติ "อิโดะ" แพทย์ไซบอร์คได้พบเข้ากับชิ้นส่วนหัวและลำตัวของเด็กสาวไซบอร์คที่ยังมีชีวิตอยู่แต่ทว่าเธอสูญเสียความทรงจำทั้งหมดในอดีต อิโดะสร้างร่างกายเธอขึ้นมาใหม่อีกครั้งและตั้งชื่อเธอว่า "อลิตา" อย่างไรก็ตามข่าวการฆาตกรรมต่อเนื่องได้เริ่มแพร่กระจายไปในเมือง อลิตาเริ่มสงสัยอิโดะในฐานะผู้ลงมือเพื่อหาชิ้นส่วนร่างกายให้เธอ แต่เมื่อเธอติดตามเขาออกไปในคืนหนึ่ง จึงได้พบว่าที่แท้เขากำลังตามจับตัวฆาตกรภายใต้ฐานะ "ฮันเตอร์ วอร์ริเออร์" ในการเข้าไปพัวพันการต่อสู้กับฆาตกรทำให้สัญชาติญาณของเด็กสาวก็ทำงาน เธอล้มฆาตกรได้ด้วยศิลปะการต่อสู้โบราณ ผลสุดท้ายเธอจึงตัดสินใจเข้าช่วยเหลืออิโดะในการพิทักษ์ความยุติธรรม และได้กลายมาเป็นฮันเตอร์วอร์ริเออร์เช่นกัน เธอปลดล็อคความสามารถและพลังที่แท้จริงของตนเอง เข้าต่อสู้กับศัตรูที่แสนอันตราย และเพื่อนผู้ยึดมั่นในอุดมการณ์